Urodzony w 1750 Samuel Hahnemann, twórca homeopatii, napisał w swoim dziele “Organon – podstawy racjonalnego leczenia” (rok 1810): “w stanie zdrowia, podobna duchowej siła witalna ożywiająca materialny organizm ludzki, rządzi nim jako doskonały zwierzchnik. Utrzymuje ona odczuwanie i działalność wszystkich części żywego organizmu w harmonii, która jest godna podziwu. Duch obdarzony rozumem, który zamieszkuje organizm może wtedy swobodnie używać ten zdrowy , żywy instrument do osiągnięcia wzniosłego celu ludzkiej egzystencji”.
Patrząc na medycynę kliniczną i naturalną w sposób epistemologiczny (związany z poznaniem), możemy powiedzieć, że medycyna akademicka związana jest mocno z neopozytywistycznym sposobem poznania i badania rzeczywistości. Dotyczy to m.in. eksponowania roli analizy i dedukcji oraz doświadczenia rozumianego sensorycznie (zmysłowo) oraz analitycznie. Istotnym elementem w jej podejściu, jest możliwość wyjaśnienia jakiegoś mechanizmu oddziaływania.
Medycyna naturalna pojmowała natomiast doświadczenie jeszcze bardziej doświadczalnie – jeżeli działa, to działa, niezależnie, czy potrafimy to wyjaśnić, czy nie. Grawitacja działała zawsze, nawet jak nie potrafiliśmy je wyjaśnić.
Whorton podkreśla, że w systemach niekonwencjonalnych, powstałych w kulturze europejskiej (np. Hahnemann, Thomson, Still, Palmer), modelem poznawczym był bardzo mocno podkreślany empiryzm praktyczny, do którego następnie znajdywano wyjaśniające teorie (za wyjątkiem eklektyzmu głoszącego zasadę “skoro działa, co kogo obchodzi, jak”). Z kolei w pozaeuropejskich systemach medycyny naturalnej odnaleźć możemy większą rolę myślenia syntetycznego i indukcyjnego, zamiast analizy i dedukcji, typowych dla metodologii neopozytywistycznej. A zatem możemy powiedzieć, że medycyna naturalna wynika bardziej z poszukiwań nie opartych na metodologii neopozytywistycznej. Jest bardziej zbiorem metod wspierających witalność człowieka i jego harmonię.
Używając metafory mężczyzny i kobiety (ich sposobów poznawania), możemy powiedzieć, że medycyna komplementarna wydaje się być bardziej zbliżona sposobowi poznawania kobiety – większą wagę przywiązuje do uczuć i emocji, do opiekuńczości, do intuicji, zaś medycyna akademicka wydaje się bardziej korespondować ze sposobem poznawania typowym dla mężczyzny – logicznym, racjonalnym, zdystansowanym emocjonalnie. Oba te sposoby poznawania rzeczywistości nawzajem dopełniają się i wzbogacają.
Inne cechy naturalnego (poza-klinicznego) podejścia do zdrowia to przykładanie większej wagi do kontaktu i wzajemnej interakcji pomiędzy terapeutą a klientem. Często medycyna kliniczna ma jedynie charakter technologii naprawiającej organizm ludzki. Często organizm ten traktowany jest na podobieństwo maszyny.
W medycynie naturalnej większy nacisk natomiast położony jest na podmiotowe traktowanie pacjenta jako jedności ciała, emocji, umysłu i ducha. Mówi się o tym, że nie ma dwóch identycznych organizmów, dlatego podejście powinno być bardziej zindywidualizowane. Traktowanie człowieka jako samej tylko maszyny wydaje się być niewystarczające. Ponadto zauważyć można także takie rozróżnienie, że medycyna kliniczna jest bardziej medycyną naprawczą i jako taka bardziej skoncentrowana jest na chorobie i potencjalnych zaburzeniach organizmu. Medycyna naturalna większy nacisk kładzie natomiast na prewencję, zapobieganie chorobom, i jako taka bardziej skoncentrowana jest na idei zdrowia i jego kultywowaniu.